En juin 2017, et après pile deux ans de bons et loyaux services, Sébastien Bannier quittait les Girondins de Bordeaux. Après deux saisons comme adjoint de Patrick Battiston sur le banc de l’équipe réserve du club au scapulaire, Sébastien Bannier retournait à l’AC Ajaccio pour prendre la tête du centre de formation de l’ACA. A cette époque, c’est Philippe Lucas qui remplaçait Patrick Battiston à la tête de l’équipe réserve, ce dernier se consacrant pleinement à son poste de directeur du centre de formation.

Il n’avait eu de cesse de défendre, déjà à l’époque, la formation des Girondins de Bordeaux.

« Il y a beaucoup de gens qui ne connaissent pas le football et la formation, qui sont amenés à faire des papiers. Chacun assume ses actes. Moi je vois le travail qui est effectué ici, ou ailleurs en France. Ce n’est pas facile de former, de lancer 2-3-4 jeunes en même temps en pro. En général on y va au compte-gouttes, ici il y en a beaucoup à la fois. C’est normal que les gens soient critiques, ils ne sont pas à l’intérieur, pas là au quotidien et n’ont pas de recul »

Sébastien Bannier, en novembre 2019, est parti à Doha et a rejoint Umm Salal, alors dernier du classement, afin de sauver le club de la relégation. À l’issue de ses six mois, et alors qu’il devait devais retourner sur Ajaccio, il a finalement accepté une prolongation d’un an. Il va désormais connaitre une nouvelle aventure. Bretonne cette fois.

L’En Avant Guingamp était en quête d’un entraîneur pour prendre les rênes de l’équipe réserve du fait que Jean-Baptiste Le Bescond soit promu au sein du staff de l’équipe professionnelle pour remplacer Thibault Giresse, parti à Nîmes. C’est donc Sébastien Bannier, aujourd’hui âgé de 47 ans, qui va le remplacer au poste d’entraineur de la réserver de l’EAG. L’En Avant Guingamp est actuellement huitième de sa poule de National 2. Selon Ouest-France, « outre sa mission d’entraîneur, il assurera, en lien avec Le Bescond, le lien entre la pré et post-formation ». Il arrivera d’ici une dizaine de jours en Bretagne.